强制执行申请费的负担问题，根据相关法律规定和实际操作，一般遵循以下原则：

一、基本原则

强制执行申请费用原则上由被执行人负担。这是基于《诉讼费用交纳办法》等法律文件的规定，旨在确保执行程序的顺利进行，并维护申请执行人的合法权益。

二、具体规定

申请执行时，虽然申请费用原则上由被执行人承担，但实际操作中可能需要由申请人预交。然而，根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，对于申请执行人民法院发生法律效力的判决、裁定、调解书等情形，申请费不由申请人预交，而是在执行后交纳。

强制执行申请费用的具体标准根据执行金额或价额的大小而有所不同。例如，执行金额或价额在1万元以下的，每件需缴纳50元；超过1万元至50万元的部分，按照1.5%缴纳；超过50万元至500万元的部分，按照1%缴纳；以此类推，直至超过1000万元的部分，按照0.1%缴纳。如果没有执行金额或者价额，则每件交纳50元至500元。

在执行过程中，如果申请执行人与被执行人达成和解协议，申请费的负担可以由双方当事人协商解决。协商不成的，由人民法院根据具体情况作出决定。

三、特殊情况

对于中止执行的案件，已交纳的案件受理费、申请费不予退还。但如果中止执行的原因消除并恢复执行，则不再需要交纳案件受理费、申请费。

当事人交纳执行费用确有困难的，可以依照相关规定向人民法院申请缓交、减交或者免交执行费用。但需要注意的是，执行费用的免交通常只适用于自然人。

四、结论

综上所述，强制执行申请费用原则上由被执行人负担，具体标准根据执行金额或价额的大小而定。在执行过程中，如达成和解协议或遇到特殊情况，费用负担问题可协商解决或由人民法院决定。同时，对于交纳执行费用确有困难的当事人，可以申请司法救助。